Oddział Onkologii Szpitala Specjalistycznego im. Ludwika Rydygiera zajmuje się leczeniem systemowym nowotworów litych. Leczenie to prowadzone jest zarówno w oddziale stacjonarnym (chemioterapia cytostatyczna, leczenie objawowe powikłań po chemioterapii), jak również w ramach Odcinka Dziennego (chemioterapia cytostatyczna, hormonoterapia). Integralną częścią oddziału jest poradnia prowadząca regularne kontrole pacjentów po zakończonym leczeniu, konsultacje chorych z innych jednostek służby zdrowia oraz niektóre formy leczenia (hormonoterapia). Najczęściej w Oddziale Onkologii leczeni są chorzy na raka piersi, raka jajnika, raka płuca, raka jelita grubego oraz nowotwory terenu głowy i szyi.
Oddział Chemioterapii ma dostęp do pełnego panelu badań krwi, badań radiologicznych, jak również histopatologicznych. W pakiecie badań krwi poza badaniami podstawowymi (morfologia, badania biochemiczne) istnieje możliwość oznaczania markerów nowotworowych. W panelu badań radiologicznych dostępne są mammografia oraz tomografia komputerowa, dysponuje również własnym aparatem do badań ultrasonograficznych jamy brzusznej. W panelu badań histopatologicznych istnieje również możliwość oznaczenia receptorów hormonalnych w tkance nowotworowej (badanie dostępne również z biopsji cienkoigłowej), białka p53, białka c-erb B2.